Si tu parles bien de mastering (c'est à dire le traitement final après avoir fini le mixage et réduit à deux pistes), je pense que tu devrais rester en 2.0 pour évaluer ce que tes auditeurs vont reellement entendre.
...Ce qui ne t'empeche pas d'enclencher le 5.1 pour le plaisir ou pour écouter si ça fait une différence interessante.
Naturellement, si tu mixes dans le but de faire du 5.1 au final, le mastering devra aussi se faire de cette manière. Mais ce ne sera donc pas le matrix qui fera le boulot, ce seront les 6 pistes que tu routeras vers les différents caissons (j'ignore si c'est possible sur audacity).
Par contre, il faudra vérifier au mastering que le son reste bon en 2.0 (à moins que tu ne fasses deux mixages distincts, mais là, bon courage

)